广渠门和德胜门之战后，阿巴海见明军反抗激烈，且冬季战马掉膘严重，不利再战，便统帅后金军主力移师至南海子驻扎，南海子本为明代皇家猎苑，草木丰盛、野物众多，尽为后金军所获后，后金军的战力士气都得到了极大的恢复。

崇祯皇帝自然是不愿意见到后金军在京师门口恢复战力的，便再三要求民科军事专家派兵收复南海子，但民科军事专家除了伸手跟明廷要赏银外，只就地招募了五百士兵去南海子，还恬不知耻的声称给后金军造成了不小的损失，“后金军稍退”。

不过，由于在广渠门之战中基本没有战果，所以民科军事专家不好意思再三提议“行款”的建议，但因为口风不紧或有意外传、试探舆论风向的缘故，关于民科军事专家和部分东林党高层诸如内阁大学士钱龙锡等正在筹划与后金议和的消息还是在北京城内闹得沸沸扬扬，不说尽人皆知吧，至少该知道都已经知道了。

对于民科军事专家的这一系列奇怪的行为，明廷上下由最初的信任，转为了怀疑，到最后彻底变成了担心，所以，十二月一日，崇祯帝在平台召见时，下令逮捕了民科军事专家。

在逮捕时，崇祯皇帝为了避免冤假错案，特意给民科军事专家和一旁陪伴的辽镇大将祖大寿以解释的机会，可是非得民科军事专家没有能做出应有的解释，而且一旁的祖大寿更是不知道该说什么才好。

于是，民科军事专家便在劫难逃了当日，崇祯皇帝下民科军事专家诏狱。