崇祯六年三月初，明军终于修缮好了被孔部所遗弃的原登莱水师的损毁船只，并于三月初五抵达旅顺湾，由于黄龙部一直监视着叛军行动，因此在黄龙部的指点下，明军水师决定先消灭双岛湾一线的毛承禄部这主要是因为毛部人少，且很有可能随时随地就投虏了。

三月初七，明军水师首先与毛承禄布置在宗岛海猫岛的曾禄部展开战斗，并击沉了叛军小船13只，生擒了叛将方胜等17人，迫使得到情报的毛部继续北逃，明军随后一路追击，最终在坟门岛凤鸣岛以西洋面上追上毛部，一场大战后，毛承禄及家属、伪副将、伪参将等众多叛军被生擒，其等所搭乘的大船8只并小船若干也被明军缴获了。

毛承禄被消灭后，明军舟师立刻返回旅顺补给，随即向东攻击停泊在三山岛的孔部叛军，孔部见大明舟师席卷而来，匆忙逃窜，结果滞留在三山岛上的参将高成功等20余名叛军因为来不及逃跑，不得不成了明军的俘虏。

三月二十四日，紧追不舍的明军舟师在葫芦岛以西洋面与叛军发生大战，并在东江镇后营都司尚可喜的支援下，成功消灭了叛军2艘大船及10艘小船，并俘获了另外3艘小船及“叛人首恶”之一的陈光福打开登州城门的叛军内应以下伪旗鼓、伪都司、伪守备、伪指挥等147名叛军官兵。

三月二十九日，明军再败叛军于大小王家岛以东洋面，擒获伪副将苏有功以下20余名叛军军官及叛军士兵一批，并同时击沉叛军大船1只、小船11只。

只是孔有德部虽然屡战屡败，但始终有来自东江镇的毛文龙旧部受孔部的金钱诱惑，携带粮食船只投靠孔有德，这才使其部能在明军的进剿下得以苟延残喘，继续顽抗。

四月初五，明军于鸭绿江口卓山一带附近再次击败孔有德部，此战中，明军生擒叛军都司高显阳以下36人，俘获小船3只，并打沉了装载有孔有德家眷的船只，迫使孔有德部不得不丢下大宗军械物资后弃船登陆，从而彻底截断了东江镇中人投靠孔部的通道，自此，孔部开始陷入了外援断绝的窘境。

趁你病要你命，明军自然不会纵容孔部重新找寻外援的，所以便联合朝鲜军队，于当年四月十一日，在千家庄一线对孔有德叛军展开打击，“伤贼无算，贼营大恸”。

当然，“伤贼无算”比较夸张，实际与事实明显不符，但“贼营大恸”却是真的，毕竟，此时孔部已经穷途末路了，所以上上下下都对前途感到了悲观。

而孔有德所有的野心自此也烟消云散了，于是，孔有德便派人致信明军舟师统帅周文郁请降，在信中，孔有德声称愿意“修筑南关、恢复金州”来赎罪，但由于孔有德之前诈降过多次，已经彻底失去了信誉，因此周文郁不为所动，只是用炮击作为回应。

在这种情况下，已经走投无路的孔有德，只能以“总提兵大元帅”的名义，向后金请降。

虽然明知道孔有德在请降信中提及的“本帅现有甲兵数万、轻舟百余、大炮火器具全”的说法不实，但阿巴海还是欣喜若狂，便立刻率兵前来接应，就这样，在后金重兵的保卫下，孔有德于崇祯六年四月十五日，正式投敌了。

不过，一度拥兵高达六七万的孔有德部此时仅剩下了老弱1700余人原本裹挟的4名葡萄牙炮兵教习也全部死于了战火之中，原本裹挟的400名川军枪炮手也有一半丧生海底了可谓是凄惨到了极点。