弘光元年四月一日，朱由崧率部抵达湖口，但此时九江已经落入了左良玉之手郑鸿逵部与左部水师大战数场，每次都多有斩获，但积累下来，自身损失也超过了千人，原本就有些支持不住了，结果此时左部陆师开到，第一战就消灭了张国维所部江西卫所兵3000余人，唬得张国维率部丢下九江城逃回了南康府城；见九江城丢了，郑鸿逵也不敢单独迎战左部水师，所以便灰溜溜的逃回了湖口与朱由崧会师。

得知九江失守，张国维南逃南昌后的朱由崧只能驻兵湖口一线，一面警惕左部动向，一面又紧急调动镇江方面济州水师淮戊船队前来增援，至于沈廷扬和东林党人会不会利用这个机会策动针对南京的叛乱，朱由崧已经顾不上了，只希望南京守军能自行抵御了。

结果左良玉到了九江后，就再也起不了床了，并在稍后的四月四日，一命呜呼了关于左良玉的死，东林党人做了极大的美化，说什么左良玉见自己部下抢劫并烧毁了九江城，自觉对不起前来劝降的袁继咸，所以羞愧而死云云，这完全是把一个杀良冒功惯了的军阀美化成了一代知礼知耻的儒将，可谓是煞费苦心。

左良玉死后，左部诸将第一时间拥戴左梦庚继承帅位这已经是赤果果的军阀做派了但由于左良玉的死带来的动荡，左军被迫滞留在了九江一线，这就为朱由崧调动济州水师了必要的时间

在南明平叛之战一触即发的时候，准塔部已经于四月二日展开了对徐州的攻击，但早有应对的刘肇基指挥若定，在接下来的多日战斗中，不但稳守徐州城墙，还大量杀伤了攻城清军，让准塔所部清军无法顺利完成既定任务。

准塔见徐州守备完整，且城头还有红衣火炮助阵，因此便想丢下徐州，直插邳州，籍此诱使刘肇基部舍弃坚城往援邳州，然后逼迫刘军在野地与自己决战，但清军探马对徐州以东地域的侦查结果却很是不妙，不但发现了大量图们江商栈模式的堡寨、村寨，而且路上还有人主动进攻清军探马，给清军探马造成了很大的损失。

准塔当然不知道袭击者是姜进勇率领的游击牵制部队，但多年的战争经验告诉他，出现战争迷雾的背后，必然存在某些可怕的危机，因此，准塔一方面提高了对明军援军的防备，另一方面则放弃了继续东进的企图，就在徐州城下跟刘肇基耗上了。

但对于准塔部来说，围城也很麻烦，毕竟准塔所部的粮食非常有限，必须四下打粮，这就给姜进勇部的袭扰创造了条件，也就是姜进勇部的兵力有限，战斗力不高，否则，清军绝无可能保持有效的物资收集能力，一早就被迫撤回山东或开封等地了

在北路清军准塔部受阻于徐州城下之际，东路清军多铎部在夺取了高杰部主动放弃的颍州等地后，兵临了淮河及东淝河岸边的寿州。

寿州守将高杰为了将清军堵在淮北，便留下李本深、杨绳武、王之纲等人率兵10000留守寿州城，自己率金声桓、李成栋、贺大成、胡茂祯、张程鹏等部的15000兵马堵沿淮河布防；但淮河很长，高杰出城备御的部队仅15000人，根本无法处处把手，所以，很快被清军找到了防守上的漏洞，最终在高杰部主力赶来堵防前，成功的抢运了1000余人骑过河。

见清军过淮兵力不过千人，高杰立刻指挥部下展开进攻，然而清军过河这1000余人中有400满八旗兵多铎离开进入河南时，所部一共3万余人，其中满八旗兵不过3000、蒙八旗兵2000、汉军旗兵5000，其余2万都是收编的顺军、明军。