明弘光元年四月十四日午时过后，左梦庚、王允成、惠登相、李成、马进忠、卢鼎、郝效忠等人率残部4000余人逃到了都昌县城此时，左部总兵官杨明起已经在率部逃亡途中消失不见了，这是左部阵亡及失踪的第五位总兵官，但与其他实际证实是死亡的四名左军总兵官不同，据说若干年后，有人在齐云山看到一个与他样貌非常相似的道士，从而引出了杨明起假死逃生的说法从一哄而散的守城衙役手中夺取了这座不大的县城。

但左梦庚等人才停下来喘息了大半个时辰，府军营正军师的追兵就接踵而至，出现在了都昌县城北郊，收到消息的左梦庚等人不敢滞留，便再次丢下所属步队相当一部分原先也是骑兵，在马匹累死后转为步兵的夺门而逃，最终遁入了都昌以东阳储山中。

虽然暂时从追兵手中逃脱了，但现在的情况与之前八十万大军、意气风发时的落差太大了，因此曾经与西厂秘密联系过的王允成、马进忠等人就起了用左梦庚人头换取自己安全着陆的想法，于是准备趁着左梦庚不备，制住左梦庚及其他左部将领。

然而左梦庚一早担心有人会临了跳船，所以当王允成和马进忠两人驱使家丁跳出来反乱时，面对的却是有所准备的左家家丁；只是王允成和马进忠的行为并非是孤立的，并没有跟西厂联系过的李成、卢鼎也起了小心思，所以在双方厮杀时，也搅合了进来，进而协助王允成、马进忠两部擒杀了左梦庚。

只是，在左梦庚的最后反击中，王允成也受了重伤，随后不治身亡了。

擒杀了左梦庚后，原本在混战保持中立的惠登相、郝效忠、刘国治等四名左部总兵便试图与马进忠三人沟通，并企图与马进忠三人一起向京营投降，但马进忠、卢鼎、李成商量后，觉得太多人一起投降会影响自己投降后的结局，所以，一不做二不休，假借接纳惠、郝四人为名，将四人骗到近前，进行了围杀。

惠登相等4人当然对擒杀左梦庚的马进忠等人保持了一定戒心，所以当马进忠等人攻杀过来时，有所防备的他们立刻指挥部属与马进忠等人进行大战，但惠登相等人的部属在马进忠等人的一番言语蛊惑下陆续倒戈，于是惠登相和刘国治等3名左部总兵随后被乱刀砍死，只有郝效忠一人拼死冲了出去

杀完了主将、又杀死了同僚后，马进忠等人互相戒备着带着一连串首级回返了都昌，向出城追击自己等人的京营辅助骑兵及夜不收队缴械投降，至此，左梦庚部彻底灰飞烟灭三年后，浙北衢州府保称有山贼为祸，明廷调遣浙北驻军前去清剿，战斗中，明军杀死了匪首，后来经过证实，此人正是郝效忠左部之乱就此平息。

左军彻底覆灭的消息以及黄澍为了乞活而做出的供述飞快的传回了南京，随即刘孔昭奉旨率领缇骑四处，大事抓捕了一批涉嫌与左部有瓜葛的东林党复社成员，其中就包括户部左侍郎练国事、礼部右侍郎梁云构、光禄寺卿孙嘉绩、光禄寺少卿林友兰、翰林简讨屠象美、户科都给事中熊汝霖、刑科给事中马嘉植、兵部员外郎贺文兰、礼部主事黄端伯、中书舍人王介福等20余名朝廷大臣及陈洪绶、张履祥、冒襄、方以智、陈贞慧等江南文化名人。

此外，刘孔昭还令人南下逮捕里居的黄道周、黄宗羲、黄配玄等人其中黄道周、黄配玄束手就擒了，但黄宗羲却逃进了四明山中，与侯方域等人一起成为了通缉犯刘宗周、张慎言和姜曰广虽然没有被逮捕，但其户籍所在地的府县也接到了严加看管的指令。

与此同时，东厂还利用各家小报开始大事渲染某些人内外勾结，意在祸乱国家，一时间市面上对东林党人的非议颇多，让东林党人颇有些焦头烂额。

东林党人当然也不是坐以待毙的，这不，得知黄澍把自己供了出来，并且自己的弟子陈洪绶、张履祥也被逮捕的刘宗周其实刘宗周与叛乱案的关系并不大，但刘宗周本人是东林复社的意见领袖，很多事情都绕不开刘宗周的，因此一旦朱由崧准备打击东林复社集团，刘宗周必然被牵扯其中开始绝食，最终在绝食二十余天后，一命呜呼了。

而就在被朱由崧私下里评价为“真小人、假圣人”的刘宗周用死亡维护自己尊严，并籍此作为个人对朱由崧残暴统治的最后反击手段的这段日子里，以马士英、王铎、高弘图、吴甡等内阁大学士为首的明廷官员纷纷上疏朱由崧，反对朱由崧借由左氏父子叛乱案清洗朝堂和江南士林。