在李自成命令田见秀、刘宗敏等部出击的前一天，将左部后续处置任务移交给张国维统帅的江西卫所兵后，腾骧营、府军营、金吾营等部京营新军在朱由崧的指挥下，乘船进驻了九江城；而原驻九江的黄得功部3总兵，则奉命北返蕲黄与黄得功部主力汇合进行重整。

黄部重整的目的是为了消化朱由崧调拨的1万左军陆师降兵原本朱由崧还没这么快把降兵交给黄得功，但阿济格退兵，让京营参谋们设计的甲方案，即趁着阿济格部渡江攻打李自成部之际，黄得功部迅速沿长江汉江进军，夺取襄樊，锁死阿济格部北返之路的作战计划，彻底无法实施了；因此朱由崧干脆决定实施乙方案，即待黄部兵力充实后，再西进黄州府，配合京营新军夺回武昌不过作为代价，朱由崧回收了巡江水师安庆营和马当营的指挥权，并以马当营、安庆营、江阴营、太平营、镇江水师组成临时的长江水师，负责封锁长江江面，最终实现截断长江的目的。

至于济州水师桨帆船队，朱由崧则命其迅速返回镇江，协同漕军防御来自巡江水师吴淞营的进攻侯方域已经被宁鲤秘密抓捕了，随即在审讯中，受刑不过的侯方域供出了东林党用来呼应左良玉的兵马，这些兵马包括建阳卫指挥使于侯升掌握的300建阳卫官兵和20家丁、扬州卫掌印指挥使关文掌握的50家丁、镇江卫指挥同知牛国统掌握的200镇江卫官兵等等等等，林林总总加起来也有35000人，其中以吴淞营总兵方国安部最为精锐，危险性也最大。

所以，在不确定巡江水师狼山营是否有变的情况下，朱由崧只能先把济州水师桨帆船队调回镇江待命，一待济州水师桨帆船队到位了，那么接下来金吾营辅军师就会抽调部分兵马配合锦衣卫，武装抓捕侯方域供述名单上的那些统兵将领；而只有完成了对这些统兵将领的抓捕，清除了南京周边的隐患后，朱由崧才会安排金吾营辅军师主力及济州水师展开对吴淞营的打击为了避免方国安率部东逃出海，朱由崧甚至密令济州水师主力南下长江口封堵，不过，济州水师主力南下是需要时间的，这也是为什么朱由崧最好才对付方国安的原因之一。

当然，侯方域的供词未必是真实的，他的名单上的人也许是冤枉的，但现在这个时候，有杀错没放过，了不得，日后把责任推到侯方域和东林党头上，再给枉死者及受到连累的家人、族人进行平反嘛。

“另外，飞马将阿济格部北上之事，通报给高杰、尚可喜、刘肇基知晓，命令高杰所部，止步于光州、颍州两地，尚可喜所部止步于陈州、亳州两地，刘肇基所部止步于归德、睢州。”等完成长江两岸的军事调动后，朱由崧继续命令道。“一待控制上述州府后，各军就地强化城防，不得再行冒进，以免遭到阿济格部的蓄意打击。”

朱由崧说到这，顿了顿，又命令道“再通知张国维，一旦结束对左部的押运、看守任务，所部江西卫所兵立刻循陆路驰援长沙、岳州一线，以确保湖南门户不失去，并在朕亲领大军收复武昌后，协同孙传庭部北上夺取荆州重镇”,