弘光三年四月二十日清晨，归真卿率勇士营第二战兵营自徐州当面越过黄河清军济尔哈朗部主力都布置在鱼台、单县以西以北，于丰县、沛县一带只有少量游骑活跃，而且由于南明实施的坚壁清野，以及清军实施的大规模屠杀，所以，丰沛两县实际是无人区，因此勇士营第二战兵营的行动根本没有任何的障碍。

当日午后，勇士营第二战兵营下属骑兵哨突袭韩庄水闸，驱散了由当地民夫组成的护堤队，然后引导全军顺利越过京杭运河，突入兖南；随即第二战兵营于当日酉初时分17:00，神兵天降的出现在了峄县城下。

峄县清军总兵力仅有400，且主要由衙役及城内投清士绅家丁组成，战斗力非常薄弱，再加上此时峄县县城内人口因为战乱的缘故，只剩下了之前的五分之一，根本无法协助城内清军守城，因此，一见勇士营第二战兵营大兵摆出了攻城的架势，城内清军便打开北门逃跑了不过，这些逃跑的清军大部分被第二战兵营骑兵哨给赶上了，只有极个别的趁着天色渐黑，视线不良的状态躲藏了起来。

成功夺取峄县后，考虑到接下来要在峄县死守，因此为了避免城内百姓伤亡，因此归真卿于第二天一早，命令所属骑兵、辎重兵共同护送峄县城内剩余百姓南下徐州避难时间来得及就再护送一批粮草来峄县，时间来不及就在峄县城外待机，总之，骑兵于守城的作用不大，所以不必留在峄县城内，留在城外机动或许能起更大的作用。

待峄县城内百姓被强制驱赶南下后，勇士营第二战兵营便上下一切动手，开始拆毁城内原本已经破败的建筑，并利用拆解下来的建筑材料，修建街垒及其他辅助守城的防御工事。

由于峄县向北是藤县，藤县以北就是清军黄河防线最东端所在的兖州府城及济宁州城，因此，在得到明军攻占峄县的报告后，兖州守将准塔不敢怠慢，立刻下达了全线警戒的命令，同时勒令马光远部立刻回转，夺回峄县。

马光远接到命令后不敢怠慢，便暂时放弃了对费县某个反清武装名下的村寨的进攻，带兵星夜兼程，遂于当年四月二十六日夜间抵达了峄县城下；只是，马光远部配属的红衣炮队的行动速度较为缓慢，所以未能与马光远主力同时出现在峄县。

也正是因为红衣炮队还要三天才能开到，所以马光远部一开始采取了围而不过的态势。

对于马光远部这种围而不攻的态势，赶在清军抵达前刚刚获得了一批最新粮秣补给姜进勇虽然反对归真卿的冒险，但为了顾全大局，所以该给的他绝没有扣下不给的勇士营第二战兵营十分欢迎；但就马光远自身来说，因为粮食保证自始至终都没有宽裕过，所以，注定了这种围而不攻的势态是不可持续的。

这不，1647年四月二十九日，配属马光远部的红衣炮队抵达了峄县，第二天，完成了炮兵阵地构筑的清军，便对峄县县城发起了攻击。

鉴于己方拥有的红衣火炮的数量非常有限，因此马光远将3门火炮都集中于峄县北门。

当日申时三刻16:00前后，清军炮队发射了第一发炮弹，这发炮弹直接命中了峄县城墙，震得没有包砖的峄县城墙尘土飞扬，人马在墙上站立不稳。

但这发炮弹实际是射偏了，其最初目标应该是峄县的北城门和北城门上的吊桥，不过没办法修正弹道的清军炮弹显然是将错就错了，所以，接下来的炮弹都是往峄县城墙上招呼的，只有几发歪打正着的才打中了吊桥和城门，进而把吊桥上的木板都打出了巨大的窟窿。

一通声势大于实际效果的炮击结束后，马光远便指挥着清军开始了填壕作业。