到了万历元年，以新君日讲官资历，改右庶子领南京翰林院。万历二年，任国子监祭酒，颇有建树。时太学生多喜欢结伴闲游，怠惰於学。余有丁任国子监祭酒后，觉得国子监学风不振，便严加禁止此类活动，并下令诸生相互监督检举，如果有违规不报者，则一同连坐受惩，学风为之好转。

万历六年，进吏部左侍郎。此时吏部尚书是由郭朴兼任，所以余有丁这个左侍郎算是郭朴的亲信。但由於余有丁本身是浙江宁波人，他也被很多人看做心学一脉。

排在郭朴推荐第二位的是礼部尚书潘晟。这位潘部堂的资历就厉害了，他是嘉靖二十年的一甲第三名，也是探花郎出身，被授予翰林编修，协助修编大明会典。

嘉靖三十三年，以秩满升侍读。嘉靖三十四年，与严讷共主应天府乡试。嘉靖三十五年升为南京国子监祭酒。

世宗嘉靖帝晚年专事静摄，不理朝政，往往醮祀宫中，词臣们多以撰写“青词”希图仕进，而潘晟不屑於此，“坚执不为”遂致仕归。后来曾短暂起复，做过两年礼部尚书，因事请辞，万历六年高拱去世之后，潘晟被郭朴再次起复，仍然出任礼部尚书一职。

再往后则是王锡爵，王锡爵老兄也是学霸级的人物，从小各级考试就拿过多次的案首，嘉靖三十七年参加南京应天乡试，在学风极盛的南京拿到乡试第四名。

嘉靖四十一年他参加会试，拿到会试第一，也就是会员，不过殿试之时“只拿到”第二，於是成为当科榜眼那一年的状元正是申时行。

王锡爵出身太原王氏那时候太原王氏已经南迁，门第很高，加上他又是学霸，所以脾气也是比较大的，曾经得罪过高拱，不过好在不算什么大事，高拱只是打算磨砺他一番，於是把他从詹