何福与平安、蓝道行等人一商量，决定与其被困城中活活饿死，还不如趁大军尚有一定的战斗力，集中突围。

他们的突围行动选在一日清晨，约定以三声炮响为号，从东、南、北三座城门一齐突围。

朱棣一方的斥候收到消息，得知徐州的陈晖连夜出兵，准备救援灵璧，於是也在这日清晨发动总攻。

南军士兵备好云梯、冲车、投石机等工程器械，营中三炮震响，众军如蚁群般冲向城下，对灵璧发起猛攻。

而守城方听到攻方炮响，竟误以为是己方突围的号令，从各处城门争相逃窜。

朱能、丘福等燕将大喜，立时挥师猛攻，从城门杀入城内。还没做好交战准备的南军将士此时只顾逃命，毫无战意，很快被潮水般涌进的燕军击溃，除何福与萧无痕等人突围成功外，余众如平安、蓝道行等皆被俘。

(《明通鉴》卷十三:於是南军粮乏，乃下令，期以明日闻炮声三，即突围出，就粮於淮河。辛巳，燕师攻灵壁垒，发三炮，令军士蚁附而登。福军误以为己号，争门走，燕师乘之，人马扰乱，遂大溃。)

朱棣取得灵璧尚不满足，命张辅和朱能打起平安部的战旗，向北去迎陈晖。

陈晖乍见友军旗帜，还以为是从灵璧突围出来的平安，大喜之下刚要过去会师，燕军立刻趁其不备发起猛攻，不但再次将陈晖部打得溃败，陈晖本人也在突围时受伤遭擒。

灵璧之战后，盛庸率领的南军主力遭到重创，所倚仗的平安陈晖等大将也被燕军俘获，在全盘形势中已居於下风。

朱棣乘胜南下，盛庸则尚不死心，率己部中军於淮安凤阳一线力阻燕军。是役，盛庸部展现出卓绝的战斗力，硬是阻得燕军无法就地渡过淮河，不得不转道东南，向扬州方向进兵。

此时扬州尚在南军的掌控之中，手握兵权的监察御史王彬据城坚守， 昼夜不解甲。

江都帮再次发挥作用，江别临让人贿赂王彬贴身侍卫的母亲，使其在王彬解甲沐浴时将身为侍卫的儿子唤出。王彬无人守护，遂遭有意降燕的手下绑缚，扬州易帜。

随后运河沿线的高邮等城也一齐归降。

朱棣得到扬州后，下一步就是渡过长江。这时盛庸何福等人引南军残部退到瓜州，试图占据渡口，阻止燕军渡江。

燕军初战不利，朱棣为激励士气，就对朱高煦道:“再努努力吧，好孩子！世子可是常常生病啊。”暗示世子朱高炽体弱多病，朱高煦有机会取得储君宝座，於是朱高煦大受鼓舞，率众殊死作战，终击败堪称燕军的宿敌盛庸。

盛庸再败后不知所踪，朱棣则一鼓作气自瓜州渡江，攻镇江，镇江守将献城投降。

至此，历经三年的征战和较量，燕王朱棣终於再次踏上江南的土地。

而作为他这次南征最后目标的京城，此刻已近在眼前。