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由“最后的魔女”掀起的技术革命“科学”给“魔法”的世界带来了新的秩序。一边是自己的青梅竹马，且是推进了科学时代的贵族千金玛丽娅（Maria），另一边是偶然邂逅的魔法时代象征“幻想种”少女露娜莉亚（Lunaria），持有科学与魔法两种力量的少年莱尔，徘徊於两个少女之间。2个少女，代表着2个时代。拥有改变世界力量的少年最终将会做出怎样的选择！？