厕所，一般是家中比较脏乱差的地方之一，倪瓒身为洁癖人士，当然格外注重厕所的位置和卫生。他家的厕所“以高楼为之”，高楼下面有一个敞口的木格子，里面装着许多鹅毛，每当上厕所的时候，需要先爬到高楼上，排泄物掉到木格子里，又轻又软的鹅毛会马上飞起，将排泄物覆盖住。倪瓒在上面如厕，仆人就在木格子边上守候，见到主人如厕完毕，立刻换上新的木格子和新的鹅毛，以保证厕所环境整洁，气味芬芳。

倪瓒的朋友们知道他有洁癖，对此比较照顾，例如一个叫周南老的人，每次邀请倪瓒来访之前，都会把家里打扫得干干净净，连柱子和柱础都擦得锃亮。当然也有闹笑话的时候，倪瓒的同乡中有一个富翁，富翁家里的芙蓉花开了，邀请倪云林一道赏花宴饮，倪瓒答应了。上菜的厨师是个满脸大胡子的人，倪瓒一见，站起来把衣服左掸掸，右掸掸，意思是要走了，主人非常惊讶，这菜还没吃一口，怎么就要走了倪瓒傲娇地说“厨师那么多胡子，肯定好脏，我还吃他做的菜干嘛”

朋友们一道聚会，难免要请几个歌姬舞女来助兴，一个名叫杨廉夫的朋友，想出了一个玩乐的法子脱掉妓女的一只鞋，把酒杯放在鞋里，名曰“鞋杯”，让宾客们拿着鞋杯轮流喝酒。倪瓒见到这种玩法，大呼“龌龊龌龊”说罢拂袖而去。倪瓒家是当地有名的地主，倪瓒的两个哥哥都是道教的上层人物，家庭条件本来十分优渥，然而这份家业传到倪瓒的手中，却坐吃山空，家中的各项用度逐渐捉襟见肘。迫不得已，倪瓒变卖了家中的土地和财产，把自己收藏的古玩字画搬到一条船上，打算从此在太湖中消磨余生。可是土地变卖了，当年的赋税还没有交，征税官在各处搜捕倪瓒，突然闻到湖边的芦苇丛中有一股龙涎香的味道，征税官循着香味，把正在湖边熏香的倪瓒抓进了监狱。

到了监狱，倪瓒的洁癖依然不改，狱卒给他送饭，他让狱卒送饭的时候，一定要举着饭碗送进来，而且要举到眉毛那么高，狱卒心想我又不是你老婆，你让我举案齐眉干嘛问倪瓒，倪瓒不回答，问了旁人才知道倪瓒是怕狱卒把唾沫喷到饭里，狱卒听后大怒，把倪瓒用铁链子拴在厕所里的马桶旁边，让他天天被臭气熏着。众人纷纷求情，狱卒这才把倪瓒从厕所里放了出来，可是这段经历给有洁癖的倪瓒，留下了深刻的心理阴影。

不久以后，倪瓒得了痢疾，就是拉肚子，结果大小便拉的全身都是，臭不可闻，这对一个有洁癖的人来说，真是生不如死，最终倪瓒因此去世，不过他的死还有一种说法，就是得罪了朱元璋，被朱元璋下令扔粪池里去了。,