朱元璋出身寒微，为了防止臣下功高震主，尾大不掉，经常制造冤狱，屠杀成了朱元璋进行政治斗争的方便武器。马皇后不同意这种做法，只要有可能，她总是尽力保护那些惨遭不幸的大臣。朱元璋殿前决事，或者震怒，等他进宫时，马皇后便随机进谏。朱元璋虽然严酷，但见她说得有理，只得采纳她的意见。有人告发参军郭景祥的儿子忤逆不孝，拿着架追赶父亲，朱元璋大怒，表示要抓来杀掉，马皇后认为父子之间可能会有矛盾，但不至于轼父，应当调查一下再说。朱元璋派人调查，果然不符合事实。已经告老致仕的大学士宋镰，因孙子宋慎坐胡惟庸党受到牵连，被捕要处以极刑。宋镰给朱元璋的儿子当过老师，马皇后便为他求情，朱元璋悻悻地说，这件事不是你能过问得了的，请你不要插手。隔了不久，马皇后侍候朱元璋吃饭，当她拿起勺子盛饭的时候，不禁潸然泪下。朱元璋问她掉泪的原因，她说，宋学士服刑，我心里痛苦，因此要替诸儿服心丧。朱元璋也不觉动了感情，投著而起，第二天宣布赦免宋镰死罪，安置茂州。

马皇后贵为一国之母，有条件过锦衣玉食的生活，但她富贵不忘贫贱，仍然过着淡泊的日子。她平常衣不重采，穿的是用丝麻织成的练布，即使破烂也不舍得换一件新的。她曾命宫人取练布织为袅绸，赐给孤苦无依的人，并把一些粗糙的丝织成衣服，遍赐王妃公主，使她们知道蚕桑艰难。每逢灾荒，马皇后便率宫人蔬食，不吃肉粥，遇到特大灾荒，便设麦饭野羹，施舍给穷苦百姓。她对朱元璋说，我与陛下都出身贫贱，几经磨难，才有今日。我听说骄纵生于奢侈，危亡起于细微，为了防微杜渐，因此愿与贤人共治天下。朱元璋听了，点头称善。

皇子朱植最幼，性格放荡不羁，长大后被封到开封做周王。马皇后对他极不放心，周王临行时，便派江贵妃随往监督，还把自己身上的纰衣脱下来交给江贵妃，并赐木杖一杆嘱咐“周王有过错，就令他纰衣杖责。如敢违抗，驰报朝廷。”从此一见着慈母的纰衣，周王便生出敬畏之情，不敢胡作非为。以严为爱是马氏对待子女的原则。对宁国公主、安庆公主等人，马氏要求她们勤劳俭朴，不能无功受禄。对待朱元璋的义子宋文正、李文忠等，她细心照顾视为己出。

据马皇后遗传载马皇后病重期间，君臣请祷祀求良医，马皇后自知难以痊愈，坚决不肯。他对朱元璋说“生死有命，祷祀何益世有良医，亦不能起死回生，倘服药不效，罪及医生，转增妾过。”朱元璋叹息不已。继问马皇后有无遗言，马皇后呜咽道“妾与陛下起布衣，赖陛下神圣，得为国母，志愿已足，尚有何言不过妾死后，只愿陛下求贤纳谏，有始有终，愿子孙个个贤能，臣民安居乐业，江山万年不朽。”言毕溘然长逝，太祖、宫人恸哭失声，百官一律下泪。

马皇后死后朱元璋很伤心，决心后宫从此不再立后，但觉得对不起郭宁妃，于是委任她掌管后宫但不封后。,