李景隆在济南战败后被撤换，建文帝赦免了他，黄子澄哭着请求建文帝治李景隆的罪，朱允炆没有接纳，黄子澄便说“大势已去了，我举荐景隆误国，万死不足赎罪”。当盛庸在东昌大破燕军后，朱允炆恢复了黄、齐二人的官职，可是在三月，盛庸在夹河战败后，又再次免去二人官职。燕军逐渐逼近南京，朱允炆谋求与朱棣谈和，便把黄子澄和齐泰眨谪到外地，仍密令二人募兵，南京陷落前，朱允炆召黄子澄回京，未至而南京已失守。

当朱棣的叛军逼近南京、建文朝大势已去时，黄子澄当时不在主战场南京，而是在苏州募兵，他没有逃跑，没有投降，决心与建文朝共存亡，还将妻子许氏与四个儿子，从老家分宜接到南京，拉入了血腥战场。不久，南京陷落，朱棣当上了皇帝，黄子澄在嘉兴被人告发，押到了南京，朱棣亲自审问“削藩”政策的主要制定者，欲重用黄子澄，只要其写下认罪书，即可享受荣华富贵，但黄子澄威武不屈，朱棣大怒，下令砍去他的双手、双脚后，又对其处以“五马分尸”的酷刑，并诛其九族。

朱棣死后，明仁宗朱高炽是位仁厚之君，对黄子澄后人较为宽容，发配边疆之人除留一人外，其余的可回原籍。结果，发配之人没有回到分宜原籍，而是回到了第二故乡昆山。到正德年间，明武宗为黄子澄平反昭雪，称其为忠臣，后人立祠公开纪念。到清代，乾隆下诏改黄子澄的谥号为“忠悫公”，黄子澄终于成为可公开祭拜的忠臣。

如果，建文帝听从黄子澄的意见，削藩大业就告成功，明朝历史就会改写，但建文帝优柔仁弱的性格决定了他的命运，对朱棣动了恻隐之心，一再贻误战机，最终，燕王以“清君侧”为名，公开举兵叛乱，从侄子手中夺取了皇位。,