据永乐年间实录和明史稿的记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役”。建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死，燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落。宫内侍人都说建文帝已，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之，燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹，其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”。

削发为僧说清代名人吕安世和近人蔡东藩等，认为燕军破城后，建文帝无可奈何，遂想一死了之，此时少监王钺告诉他你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你，我一直把它秘密收藏在奉先殿内。群臣急忙把箱子抬来，打开一看，里边有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写好了建文帝等三个人的名字。还放着三件僧衣、一把剃头刀、白金十锭、遗书一封，书中写明“建文帝从鬼门出，其它人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”

据此，建文帝三人剃了头，换上了憎衣，只带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城一扇小矮门。仅容一人出入，外通水道，建文帝弯着身子出了鬼门，其他八人随之出了鬼门后，就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他怎么知道我有难，僧人答道“我叫王升，是神乐观住持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。”至此，建文帝似削发为僧，继承了祖业。

此外，在明史姚广孝传和胡濙传里记载明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。他就把建文帝的主录僧溥洽，抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝下落，并派郑和下西洋“欲寻踪迹”，派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达16年，搜寻建文帝下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。

胡濙访得建文帝离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。也有人指出，建文帝身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，建文帝想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。建文帝也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策，燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他就不能当皇帝，朱棣为了不留下“杀侄夺位”之臭名，故意苦心寻找建文帝下落，留下了历史疑案，这可能是朱棣的用心之机。

朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实，但他的真实用心及建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜，各类词书字典，也只好注明“建文帝不知所终”。,