杨士奇在宣宗朝的贡献，更多地体现在内政建设上，长江下游是国家的财赋重心所在，沉重的赋税导致了大量人口的出逃和农民的贫困，成为朝廷非常关心的问题。周干奉朱瞻基之命进行实地调查后，建议减少官田税赋份额，打击税吏的贪污行为，杨士奇大力支持，户部官员由于担心减税会造成国家财源的枯竭，因此极力反对。如何兼顾朝廷与农民的利益，杨士奇选拔了两个干练的行政官员和财政专家周忱与况钟去解决这一难题，周忱受权管理南直隶府，况钟出任苏州知府，他们进行了一系列的财政改革。

杨士奇还特别注意人才的选拔和政治的清明，他向朱瞻基积极建议，纠察贪官污吏，举荐具备文才武略的人才，即使属于刑家子孙也不例外，并且规定凡三品以上及二司官都要积极为朝廷推荐人才，以便巩固朝廷的根基。杨士奇还身体力行，作出表率，如前述周忱和况钟以及后来赫赫有名的于谦皆得力于他的引荐。在杨士奇等人的努力下，明皇朝一片安居乐业的社会景象，朱瞻基自然高兴，每年岁首，他让百官休息十天，自己和杨士奇等大学士唱和，几乎可以称得上国泰民安了。

朱瞻基去世，朱祁镇即位，是为明英宗，张太皇太后行使摄政之权，极力倚重“三杨”，凡军国大事皆请他们参决，同时她的同乡宦官王振开始控制司礼监，与“三杨”相抗衡。年迈的杨士奇极力支撑危局，施展自己的才能，建议朝廷训练士兵，巩固边防，设南京参赞机务大臣，分派文武镇抚到各地考察民情，罢除派往各地的特务，减轻百姓的赋税，放宽刑罚，加紧吏治的整顿，使明英宗统治初年继续保持政治清明的局面。

王振，是最早在内书堂受过严格的书本教育和行政训练的太监之一，朱祁镇做太子时，他被派往东宫，成为太子的启蒙老师，他为人狡黠，善于逢迎，赢得了朱祁镇的欢心。王振通过对英宗皇帝朱祁镇的个人控制，及司礼监的独特权力开始干预朝政，给杨士奇为首的内阁造成极大的威胁，王振还很快争取到一批政治盟友，其中包括锦衣卫指挥马顺和他的外甥副指挥王山，锦衣卫因从事军事以及情报和司法工作，成为皇帝手中最有效、最得力的工具之一，是皇权运作过程中的枢纽所在。此外，王振还赢得了兵部尚书徐晞和王冀的追随，控制了明皇朝的军事力量，开始向杨士奇等人进行挑战。

王振首先攻击杨士奇的盟友杨荣，杨荣好收受贿赂，使王振找到了借口。靖江王佐敬乘杨荣不在家时，私下送去一些金银财宝，王振侦知后，必欲置杨荣于死地而后快，杨士奇不顾年老体衰，亲自为杨荣向皇帝求情，才避免了灾难。正统五年，杨荣去世，杨士奇感势单力薄。正统七年，张太皇太后去世，杨士奇更失去了最坚强的后盾，面对王振势力的膨胀，他忧心如焚，积郁成疾。明史称杨士奇有学行。有学行又居高位，杨士奇应该更会“齐家”，但也许是他光顾着国家了，自家的后院却起了火，其子杨稷仰仗老爷子有权，傲慢无礼侵暴杀人，遭到了言官们的交章劾举。碍于杨士奇的面子，皇上并没有立即下旨治罪，但是接着又有人告他儿子“横虐数十事”，皇帝这才下令查治。

好在此时，年老的杨士奇还没有糊涂，为了避嫌，他以老疾告归，皇帝也给了他十足的面子，安慰并且挽留他，杨士奇感激涕零，但毕竟事关儿子的死活，一代名臣最终忧郁而死，杨士奇死后，其子杨稷被绳之以法。,