山云认为庆远、郁林的苗人除非受到重创，否则无法臣服，于是向朝廷请求增派部队，宣宗下诏命调发广东军队一千五百人给山云。山云分道剿捕，擒获和斩杀许多苗人，他又派指挥田真攻打大藤峡叛军，将其击破，因功升任右军都督同知，并得宣宗玺书褒奖慰劳，赐红织金罗衣一件。

明英宗即位后，山云从马上摔下来，大腿受伤，英宗派医生坐驿车赶来探视，山云因病请求派人接替他，英宗下诏不许，进升山云为右都督，赐以白金彩鞋。山云在驻地去世，英宗为他辍朝一日，派使者前往吊祭，并命工部为其营造坟墓。英宗追赠山云为怀远伯，谥号忠毅，命其长子山俊世袭府军前卫指挥使。

山云镇守广西十年，先后与叛军大战十多次，斩首一万二千二百六十九级，降服叛军首领三百七十七名，夺回被掠去的男女二千五百七十九人，擒得虎豹三百四十只，进献朝廷，又构筑永平等九座堡垒、修葺宣武等四座城池，创铺屋五百二十七间，烧砖凿石，增高加厚。从此瑶、壮族人敛迹不出，百姓安居。

山云向朝廷建议任用广西本地的狼兵在浔州和大藤峡附近山区屯田，起到边耕边守、防御叛军的作用，获朝廷采纳。其后东南地区一有急警，常调用狼兵，对于平叛起到很大作用，此举即从山云开始。

山云有勇有谋，沉着冷静，而品行端正廉洁，赏罚公正，号令严明，与士兵同甘共苦。随机应变，战无不胜。他治理土官严厉，因此土官都非常敬畏他，对于朝廷的调遣征发，没有人敢落后。山云所到之处，询问乡里父老，安抚善良，审查受到诬陷冤枉的人，土人都很爱戴他。他为人平和宽恕，自己的参佐有罪，山云总是向朝廷汇报，不妄杀一人，而人们也不敢违犯。,