王骥被召回，加禄米三百石，英宗命他与都御史陈镒巡视延绥、宁夏、甘肃等边塞。当初，宁夏守边的部队，半年一换，后来边事紧张，三年才换。军士日久疲惫，又增选军属来防备，有的一家有五六人在边防，军用物资供应因此而陷入困境。王骥请每年调换一次，应来更代的十月份到达，而被替代的留到次年正月再送回去，这样边备充足而军队也不会疲劳，英宗觉得他的建议很好，把它推行到各个边防。

英宗命王骥总督军务，宫聚为平蛮将军，率师十五万前往，第二年造船渡过金沙江，叛军在西岸立栏栅拒守。官军联船搭成浮桥渡过去，攻拔叛军栏栅，进而攻破鬼哭山，连拔十余寨，叛军坠崖溺死的有无数人，而思机发还是逃掉，找不到他。那时，官军越过孟养，到达孟海，该地在金沙江之西，离麓川有一千里，自古以来官军从没到过，叛军见到官军非常害怕。而官军远途跋涉，王骥担心粮饷不继，急于想引兵退回。当时思机发虽然躲藏起来，而思任发的少子思陆又拥众占据孟养，王骥推测贼人终不可灭，便与思陆定立条约，立石表，在金沙江上发誓说“石烂江枯，你才能渡过来。”于是班师。

王骥共三征麓川，终抓不到思机发，议论者指责王骥等人劳师费财，以西南一隅而骚动天下，而会川卫训导詹英上疏弹劾他，大略说“王骥等人大量役使民夫，抬着彩色的丝织品，散给各个土司以邀取厚利。他擅用腐刑，诈称是进献给陛下做宦官，实际上是充作私人使用。部队行进又没有秩序，十五万人一天同时出发，互相践踏。每名军士背六斗米，在山谷中跋涉，许多人自缢而死。

到达金沙江后，又彷徨不敢渡，渡过之后又不敢攻，后来进攻了，又丧失了都指挥路宣、翟亨等人。等敌人撤走后，却抓渔夫做俘虏，把占领之地分给木邦和缅甸，掩盖败绩以为功劳，这与李宓之败有什么区别而当时杨国忠就是以捷报报告朝廷的。”奏章交到法司，王振从中庇护，王骥得以不被问罪。

土木之变发生，英宗被俘，群臣弹劾王振以及王骥，朝廷因为王骥正在军中，且还要倚仗他讨平苗人，便放过不问。朝廷命王骥佩平蛮将军印，充任总兵官，负责镇压事宜，由侍郎侯琎总督军务，后来苗人势力更盛，部众达十余万。平越被围半年，巡按御史黄镐死守，粮尽便挖草根来吃，而王骥屯兵在辰州和沅州并未进军。黄镐起草奏疏放在竹筒中，找人从间道出来，报告朝廷，代宗改命保定伯梁珤为平蛮将军，增兵二万人，侯璡从云南督军前进，急战，大破叛军，解除各城之围，而王骥也俘获了铲平王虫富等人献给朝廷。

王骥回师后，代宗命他总督南京机务，南京的部队素来偷闲懒惰，王骥到任后，把自己治军的办法教给他们，兵部尚书于谦不器重他，但朝廷因王骥是旧臣而宠礼他。王骥请求代宗授予世券，获准允，代宗命王骥守备南宫，以监视居住于此的太上皇朱祁镇。代宗亲赐王骥敕书，让他解职养老，定期朝见，王骥当时已经七十多岁，仍照样跃马吃肉，盛情于声妓之中。

石亨等人发动“夺门之变”，迎立朱祁镇复位，据传王骥参与了这一密谋，不但自己亲自披甲上马，还将儿孙都带在了身边。事后给王骥的赏赐稍迟，他上书陈说道“臣的儿子王祥进入南城，被诸将所挤，摔到地上差点死去，现在论功没有他的份，臣怀疑有人把他压了下来。”英宗便任命王祥为指挥佥事，仍任王骥为兵部尚书，管理兵部事务，加勋阶为奉天翊卫推诚宣力守正文臣、光禄大夫，其余如旧。

几个月之后，王骥请老告退，后来在家中病逝，终年八十三岁，英宗闻讯后，为其辍朝一日，按旧例赐葬祭，追封靖远侯，谥号忠毅。在明代顾其言的皇明百将列传评林及黄道周所著的广名将传中，王骥均位列其中。,