随后，李实自己向代宗进言，代宗只是回复也先的信，命杨善迎接英宗回来而已，王直、陈懋等又上疏景帝，请求仍然派遣李实出使。代宗答复“等杨善回来再商量这件事。”御史毕銮等人又上疏，极力进言说“即使对方以欺诈而来，我国以诚实前往，万一有意外，我方兵力本身还在。”代宗终究未听从，不久后，杨善迎回英宗。

也先派使者入朝进贡，并且请求派遣使者回复，王直多次上疏说“边关的防备没有完善，草料和粮食没有蓄积，国家的创伤还没有恢复，应该答应他的请求。派遣使者去以观察虚实，开导对方从善。”代宗不同意。没过多久，也先派骑兵进入边关，以回复使者为藉口。王直和群臣又请求这件事，代宗还是不同意。王直等于是上疏说“陛下坚决治理军队，确定或战或守的策略，实在是大有作为的君主。但是使命不通畅，难以保证他不入侵。应当敕命边疆沿线的守臣，派士兵游动巡察，有警报就入关保卫，没有战争就进行耕种。陛下在处理机要事务的空闲时间，不时召集京城兵营的总督、总兵，向他们咨询方法和篥略，真诚地接待并礼貌地对待他们，明确奖赏处罚以控制他们的后效，这样或战或守的策略可以提出来了。”代宗这才称好。

朝廷因为王直年老，命何文渊任吏部尚书辅佐他，吏部于是有两个尚书。代宗打算废掉太子朱见深，立自己的儿子朱见济为皇太子，还没有提出。恰逢思明土知府黄矰请求换太子，代宗十分高兴，将此事下发到礼部讨论。胡濙等不敢表示不同的意见，文武诸臣讨论的九十一个人应当签名，王直显出为难的样子，阁臣陈循把笔蘸上墨强求他写，王直于是写上名字，最终改换了太子。事后，王直被加授为太子太师，加赐金币等物，他跺脚叹息说“这是何等重要的大事，居然被一个蛮酋破坏，我们这些人羞愧死了。”何文渊离任，朝廷又任命王翱为吏部尚书，以辅佐王直。

代宗病重，王直、胡濙等人召集群臣和谏官，请求重新立沂王朱见浚为太子，推举学士商辂起草奏疏，奏疏还没有呈上去，而石亨、徐有贞已发动“夺门之变”迎接英宗再次即位，阁臣王文及于谦等人被杀害。奏疏的草稿留在姚夔那里，他曾经拿出来给郎中陆昶看，叹息说“这封奏疏来不及呈迄，是上天的安排呀。”英宗复辟后，优待王直，免去他一般的朝见，王直于不久后便请求退休，英宗允准，赐玺书、金绮、纸币，驿车送王直回乡。

王直去世，享年八十四岁，朝廷追赠他为太保，赐谥号“文端”。王直历仕四朝，任吏部尚书十四年，年岁越大，声誉日隆，以廉洁谨慎著称。在翰林院二十多年，考察古事，草拟诏书，编写纂集，记载注录的事，大多出自他的手笔，他和金溪人王英齐名，人们称为“二王”，按居住地称王直为“东王”，王英为“西王”。王直著有抑庵集十三卷，抑庵后集三十七卷，分别为其长子王〈禾资〉、次子王稙编定。,