龚永吉治军严明，他号令三军不许骚扰百姓，不许乱杀俘虏，对犯错误的将官、士兵亦区别情况分别对待，做到赏罚分明。时有押粮官十余人，因行动迟缓耽误了到达日期，按军令当处斩刑，但龚永吉认为云南地处山区，崇山峻岭连绵，耽误时间在所难免。于是他挺身而出为他们辩护说“我们出兵的目的是为了保卫黎民百姓，而现在竟要将保卫他们的将领问斩处死，那这黎民百姓还叫谁来保护呢我想这亦决非朝廷之意。”因他说得在理，终于保住这十余人的性命，在军伍中反映十分强烈。

英宗复位，龚永吉升为兵部右侍郎，因奸臣诬陷，于谦蒙冤被杀，龚永吉也被降阶改迁南京礼部侍郎，从龚永吉官阶的下贬，不难看出他当时确实是拥护于谦的主战派。龚永吉官阶被贬后，仍然刚正不阿，敢于直言，坚持为含冤受屈的官员申辩，上书20余道，迫使英宗采纳了部分意见。在他的极力斡旋下，有百余人幸免蒙难，就连在朱棣称帝时被无辜囚禁达50余年的建文帝之子朱文奎，也得以释放出狱。

龚永吉从北京的兵部侍郎迁为南京的大理寺卿，地位显然降低了，但他不计较这些，而是尽忠职守，秉公执法。有一刑部侍郎，在得了一在押富翁的贿赂后欲为其开脱罪责，用重金去贿赂龚永吉。龚永吉不图钱财、不畏权势，严厉地对那个侍郎说“若将这有罪者开脱，那死者的冤枉又到何处去伸呢国家的王法又有何用”龚永吉对呈报上来的案件必亲自详细审查，因而平反了不少冤狱。

安徽省徽州府休宁县平民项仕和被杀一案已滞积了十余年，始终不明不白，土豪孙志静因羡慕项仕和妻子长得漂亮，遂起了谋财夺妻的恶念，他伙同亲戚俞益合谋杀死了项仕和并霸占厂项仕和的妻子及家产。事发后，孙志静用重金贿赂了地方官为其开脱罪名，因有贪官的庇护，凶手一直逍遥法外。一日，具监察职权的都察院移文大理寺，欲将这悬案了结，龚永吉看了案卷后，觉得事关重大，必须得弄个水落石出，没有同意都察院的建议，不予以批复。据传，时值傍晚，他离衙回府，在路过太平堤时忽有一只白鹅阻道，任凭手下驱赶，总是不肯离去，只是对着龚永吉一味地哀鸣。龚永吉忽然想起，鹅与和偕音，莫非项仕和真有冤情未雪，遂对鹅说“你若有冤枉，可随我到家。”鹅果然跟他而来，及至到门口，鹅忽然不见。第二天，龚永吉重新复阅案卷，果然发现了许多疑点，于是他就驳回都察院重新勘查，都御史萧维祯看了回文后，连连点头称是。当即就差御史毕亨亲往休宁勘查取证，结果查出了孙志静与俞益谋杀项仕和的证据，孙、俞二犯亦供认不讳而伏法。至此，一桩拖了十余年的沉冤终于昭雪了，虽然这个传说带有神化色彩，但龚永吉办案细心和执法必严的态度可略见一斑。

时有扬子江盗贼刘姓者，聚众抢劫，他们以贩卖食盐为名，凡遇到有钱财者即杀之以掠其财，一时扰得民心惶惶，百姓无法安居乐业，因他踪迹不定，官府也无可奈何。一日，有一手下被官府捕获，在审问时，他竟诬指平日与他意见不合，在南市经商者20余人为同伙，官府将这批商人捉拿归案，不分青红皂白就动之以大刑，因受刑不过，这20余人只得屈认为盗寇。该案报送大理寺裁决，龚永吉仔细阅卷分析，疑窦顿生既是经商之人，怎会来去无踪，他遂传令将这20余人移送大理寺审问。经过详细审察，终使这20余人的冤狱得以平反，在释放这一天，这20余人竟三步一拜口呼“龚青天”，向龚永吉叩头调恩，被京城人一直传为美谈，由于龚永古的秉公执法，雪冤存活者逾百人。

龚永吉年近七十，有归老之意，但数次奏请告老还乡均未获准，龚永吉再次上疏恳求还乡，终于获准，还乡之日，文武百官具来送行，见龚永吉行李简肃，无不啧啧称善。龚永吉还乡后，在城南崇德里置马塘造屋数间，以耕读为业，过起厂隐居生活，他虽已古稀之年，仍关心乡里，诲人不倦，谦恭待人，对公益事业总是慷慨解囊。离他家五十步地名南井处，有一溪流。洪武年间，龚永吉叔父龚寿捐资建桥一座，因被洪水所毁，行人倍感不便，龚永吉回家后即捐资予以重建。

距家三里许的义乌江畔下埠头处，原有浮桥一座。经年失修，残缺不全。一到春季，洪水泛滥，过往者时有被溺；一到冬季，水结成冰，行人根本无法涉水。龚永吉又带头捐资修造舟楫，致使浮桥恢复如新。龚永吉回乡后，从不以自己曾做过高官而自居，待人接物一视同仁，虽属贫穷潦倒者，乃至农夫、牧童均以诚相待。在他当官时，闻知故乡发生灾荒，即命家人开仓赈济，救活乡民无数。龚永吉因病殁于家，享年73岁，朝廷闻讯，派员为之以三品式营葬，并制“秋水图”一幅以诗赐之。,