孚敬回到内阁中来，事事都一个人做主，李时也不敢有什么评论，没多久，方献夫也进来了，与李时也能合得来。彗星又一次出现，世宗召见李时等人，教导他们要引咎、修身、反省，又随便说到人才缺少。李时回来后上书讲了实现安定局面、爱惜人才和慎重刑罚三件事，很有些话提到了因为“大礼”之争，而吃官司被罢黜的大臣们。世宗以赞扬的口吻做了批复，但最终还是没有采用他的意见，给事中魏良弼、御史冯恩先后弹劾吏部尚书鋐宏，触怒了世宗，李时都替他们上书解救。

孚敬又一次返回到内阁里来，翟銮回家守丧去了，献夫退休了，李时跟随在孚敬后边，只能是拱手说“好好”就是了，因此孚敬还容得下他。孚敬退休后，费宏又一次入阁，不久就死了，李时于是独自一个做辅臣。平时对人就宽厚、和易，到这时越发以清静主持大局，世宗也经常传他到便殿里谈话，亲切地向他咨询政事。李时虽然没有什么大的补救，但是议论总是以忠厚为根本，朝中大臣也都认为他是个好人。

客星在天蒬旁出现，世宗问会发生什么事，他回答说“事应的说法起自汉朝的京房，未必都与事实相符，全靠皇上修养自己的品德来消除为宜。”世宗听后予以称赞。后来他陪同世宗去晋见皇陵，经过沙河时，世宗看到附近村庄破烂不堪，居民很少，神色暗淡地说“七座皇陵在这里，应该加以守护。”李时回答说“过去丘曾建议，京城应该设立四处屏障，以临清为南屏，昌平为北屏，蓟州、保定为东、西屏，各驻兵一二万。现在如果在昌平增设一个总兵官，往南可以保卫京城，往北可以守护皇陵。”世宗于是下发大臣们讨论，决定在沙河修筑巩华城，置兵防守。

李时前后被加官为少傅、太子太师、吏部尚书、华盖殿大学士。当时夏言入阁，李时不与他对抗，事事都推让给夏言做主，夏言也能容得下他。世宗对待李时不如孚敬、夏言那么宠信，然而也很少指责、欺辱他，对他的信任始终没有减少，这是孚敬、夏言也无法相比的。李时在任上去世，世宗赠太傅，谥文康。,