朝廷以谭纶为右佥都御史、巡抚福建，前来支援，而都指挥欧阳深却中了倭寇埋伏搏战而死，倭寇遂占据平海卫。戚继光率领浙江兵前来支援，戚继光到后，谭纶立刻筹备对倭寇的总攻，先在各海道上环立栅栏阻断倭寇归路，而后谭纶以刘显为左军，俞大猷为右军，谭纶自领中军，以戚继光为先锋，围攻平海卫，一举告破，斩首两千余级，戚继光等率兵追击，倭寇道路不通，又被斩杀三千多人。于是刘显等光复兴化。朝廷以戚继光先前横屿大战，录前后战功，以戚继光为都督同知，世廕千户，代替俞大猷为总兵。

倭寇余党纠合一万多人围攻仙游，打了三天，戚继光率兵前往解围，倭寇败走，戚继光率军追击，追至王仓坪，斩首百余级，不少人都坠于悬崖摔死，余党数千人逃走占据漳浦蔡丕岭。戚继光分五哨将士攀岩而上，与倭寇短兵相接，连俘带杀一百多人，剩下的倭寇劫掠渔船逃到海上，而后侵扰福宁，戚继光率领李超等前往将其击败，又乘胜追至永宁，杀死三百多人。

潮州倭寇聚众二万，与海盗吴平互为犄角之势劫掠潮州，俞大猷率兵杀败倭寇，并将吴平招降，让吴平驻扎在梅岭。但不久之后，吴平纠合被明军击败的流散倭寇一万多人，伙同林道乾、曾一本先后在走马溪、泊浦澳登陆，洗劫南村堡和港口村。戚继光即刻率军前来围剿，吴平得知后放弃之前据守的梅岭，集合大船一百多艘，逃入南澳，并修筑大寨防御。俞大猷率领水军，戚继光率领步兵，二人合力围剿吴平，吴平破败，孤身逃往凤凰山。

给事中吴时来向明穆宗上疏，建议让戚继光、俞大猷等人训练蓟门一带的士兵，但朝议后决定只任命戚继光即可。于是，朝廷任戚继光为神机营副将，当时谭纶刚刚在辽、蓟一带募集了三万步兵，又在浙江招募了三千士兵，请求让戚继光对其训练，得到了穆宗的许可。穆宗让戚继光训练蓟州、昌平、保定等地的士兵，总兵官以下的官员都受戚继光的节制。戚继光到任后，时蓟州有总兵郭琥，而戚继光为总理，无法统一号令，于是朝廷将郭琥调走，以戚继光为总兵官，镇守蓟州、永平、山海等地。又以戚继光前破吴平有功，进封为右都督，时北蛮子侵略青山口，戚继光引兵将其击退。

北蛮小王子与董狐狸谋划进犯，向明朝廷索要赏赐遭到拒绝，于是二人在喜峰口烧杀抢掠，戚继光得知后率兵前往平乱，差点活捉董狐狸，董狐狸侵略桃林，被戚继光击退。而后董狐狸的侄子董长昂侵犯界岭，又被击败，董狐狸多次侵扰边境不但没有占到便宜，反而损失惨重，于是献关求赏，朝廷答应其按年给予赏赐。董长昂又入侵边境但无法从关口攻入，于是逼着他的叔父董长秃寇犯边境，戚继光领兵将其击败并活捉董长秃。董狐狸与董长昂率领宗族三百人来到戚继光关前请罪，董狐狸穿素服大哭请求赦免董长秃。戚继光与部下商议后决定接受其投降，董狐狸于是将劫掠的百姓放回，并发誓不再反叛，自此董狐狸与董长昂再也不敢侵犯蓟门。不久，戚继光因守边功劳，升为左都督。

戚继光镇守的蓟门固若金汤，北蛮子无法攻入，于是转而进犯辽东，戚继光率兵增援，协助辽东守将李成梁将其击退，朝廷封戚继光为太子太保，又进封少保。朝廷里内阁首辅张居正病逝，给事中张鼎思趁机上言戚继光不应该放在北方，于是戚继光被朝廷调往广东。给事中张希皋再次弹劾戚继光，戚继光因此遭到罢免，回乡后病死。,