清晨，卡卡西与以往一样，从恶梦中醒来。洗漱完毕后，卡卡西一如既往地穿过街道，团子店那边阿凯、雷同、玄间三人在吃丸子。雷同道，“听说三代目要重新当火影了。”玄间摆弄牙签，“本以为世代交替的时代能带来点新气象呢！”阿凯道，“玄间的意思我明白，不过啊……”雷同道，“三代大人也不轻松啊，都一把年纪了。”阿斯玛吞了个丸子，“反正我们只要继续为村子卖命就行了。”夕日红笑道，“那为了庆祝三代目就任火影，用团子来干杯吧！”几个人一起说好。
卡卡西从旁边过去了，阿凯偷偷地跟了上去，戴着面具的大和看到了这一幕。阿凯想要从后面吓唬一下卡卡西，卡卡西的警觉性很高，写轮眼打开，躲过了阿凯的偷袭，反手擒住了阿凯，苦无抵住了阿凯的脖子。阿凯冒汗，“是我啊，卡卡西！”卡卡西放开阿凯，阿凯松了口气，“好强烈的杀气，差点死掉了呢！”卡卡西收回苦无，“你到底想干什么？”阿凯道，“我不过想找你来一场宿敌的对决而已！”卡卡西没好气地拒绝了，这让阿凯大为失望。
夜晚，团藏在房间沉睡。突然有根部忍者乙前来报告，团藏马上惊醒了。根部乙道，“团藏大人，十万火急，大蛇丸那里……”随后，团藏起身来到根部基地，“猿飞亲自带队……大蛇丸玩过火了，都到了这个地步。”团藏将根部甲，也就是大和喊来。大和领命，马上离开木叶，前往团藏为大蛇丸事先准备好的秘密中转点。团藏料到猿飞与大蛇丸师徒情深，身为老师的猿飞日斩，无法对大蛇丸痛下毒手。
秘密实验室，猿飞日斩对峙大蛇丸，旁边是几个火影直属暗部。大蛇丸苍白的脸上还有血迹，旁边的手术台上还有实验用的活人，后面的柜子里到处都是尸体。猿飞痛心疾首地看向大蛇丸，大蛇丸满不在乎，“要杀死我吗？”猿飞结印，将通灵兽猿魔召唤而来。大蛇丸自忖不是猿飞的对手，“猿飞老师，你真的下得了手吗？”猿飞恼怒，“你……”大蛇丸结印，“风遁，大突破！”强烈的狂风骤起，吹向猿飞与几个同来的暗部。
后面的玻璃器皿和设施均被大蛇丸的忍术摧毁，就连壁灯都没能幸免。几个暗部不得不俯身躲避强风，猿飞也半蹲下身躯暂避锋芒。这种程度的忍术根本不可能对三代火影造成任何影响，猿飞是故意放水。大蛇丸也意识到了这一点，急匆匆地冲出实验室离去。看到大蛇丸离去的背影，猿飞痛苦地闭上眼睛。猿魔急怒，“猿飞，你！”猿飞叹气，一下子苍老了很多。
大和在树林中穿梭，准备先到中转点等待大蛇丸。三只幼鸟从树上坠落，大和双手射出木遁条子，接住了小鸟。大和留下木遁形成的新巢穴，继续前行了。幼鸟的母亲落在新巢穴旁边，叽喳鸣叫，非常兴奋的样子。
大蛇丸冲出实验室，旗木卡卡西挡住了去路。卡卡西的右手闪烁千鸟亮光，大蛇丸露出冷笑。卡卡西的雷切高速打向大蛇丸，大蛇丸俯身避开，手持苦无刺向卡卡西。卡卡西纵身躲避，落在树上。卡卡西急速转身，大蛇丸贴身而上。卡卡西大惊失色，躲避不及，大蛇丸手中的苦无划破卡卡西的面具，额头受伤，写轮眼显露。卡卡西险些跌倒在地，短短的一分钟之内的战斗，胜负就有了分晓，身为上忍的卡卡西远非木叶三忍之一的大蛇丸的敌手。
大蛇丸冷冷道，“你的眼睛不错！”卡卡西冒出汗来，大蛇丸的杀气让人不寒而栗。大蛇丸舔了舔苦无上的血腥，“不过我不需要冒牌货！”一条大蛇从树上垂下来，搭在大蛇丸身上，似乎将大蛇丸当成了同类。大蛇丸微笑，“可爱的家伙，你也想看到这个人流血吗？”异变突生，那条大蛇突然张开了血盆大口，里面贴着一张起爆符。大蛇丸措不及防，起爆符瞬间爆炸，大蛇丸被炸飞出去，那条大蛇也被炸得血肉纷飞，当场死亡。
卡卡西也被爆炸余波波及，吹飞出去。火光和烟雾散后，大蛇丸从地上站起来，鲜血淋漓，腹部伤势不轻。大蛇丸看了看手上的血液，“三代目，这是你的杰作吗？”原来，那条大蛇中了猿飞日斩的幻术，被猿飞加上了爆炸陷阱。当大蛇丸要伤害木叶忍者时，那条大蛇就会自动出现，阻止大蛇丸。猿飞将幻术、陷阱利用的恰到好处，以最简单的战术轻松重创了同为影级的大蛇丸。
卡卡西勉强站起来，拔出苦无试图阻止大蛇丸。大蛇丸摇晃着走过来，凌厉的眼神扫射卡卡西，卡卡西浑身都是汗水，恐怖的气息让他难以承受。最终，大蛇丸从卡卡西身边走了过去，双方各有顾忌，都没有再动手。等到大蛇丸离去，卡卡西才艰难地回过身，却已经失去大蛇丸的踪迹了。卡卡西擦汗，“这就是大蛇丸吗？影级实力……”
卡卡西回到暗部，额头贴上绷带，重新戴好新的面具。暗部忍者集合后，三代火影与团藏一起出现了。猿飞道，“这次紧急召集大家，是为了尽快抓捕在先前行动中漏网的大蛇丸。根据报告，大蛇丸已经身受重伤，从他的伤势来看，离开火之国并非易事。”团藏道，“听好了，大蛇丸拥有的知识、情报、技术对木叶而言是珍贵的财富……”猿飞打断道，“希望你们尽量把他活着带回来。一旦他从火之国叛逃，将对木叶造成致命打击。”
团藏暗自嘲讽，凭这些暗部怎么可能活捉大蛇丸，要是暗杀还有些机会。猿飞继续道，“我们必须在大蛇丸跨越国境前与时间赛跑。各位，务必全力搜查，散！”暗部诸忍者领命而去。猿飞往回走，团藏道，“对自己的徒弟如此疼爱……哼，你这样的人物竟然也会失手！我会全力协助你的，为了木叶，竭尽所能。”猿飞道，“不好意思，让你费心了。”
大蛇丸的研究已经暴露，作为大蛇丸的老师三代无法痛下杀手，现在木叶上下的首要任务就是阻止受到重伤的大蛇丸逃出火之国。
大蛇丸身受重伤，不敢停留，沿着树林密境缓慢前行，希望能赶到秘密中转点。暗部忍者们沿着木叶的森林，分头进行寻找追击。大蛇丸也曾经是暗部成员，对暗部的追踪技巧非常熟悉，因此他能很好地避开这些暗部的追赶。卡卡西穿梭在林中，回想与大蛇丸战斗的情景，“他没把我放在眼里……下次我一定要……”