浣熊市地下某处基地。

“什么?蜂巢失去控制了?”

“BOSS，红皇后系统被未知程序篡改，为了防止影响其他基地智脑，已经切断与各基地智脑的联系。另外这是红皇后失控前传来的图像。”

“通知伊萨克博士启动蜂巢内部的暴君消灭所有人！”

“BOSS，那复仇女神计划是否终止?”

“蠢货！这种克隆体我们不是还很多吗！模拟实验换一个爱丽丝不就完了！”

“是BOSS！”

……

袁英看着乖巧的红皇后，叫小缘快速在脑中播放了下剧情。

生化危机开始简单的讲述了安布雷拉(保护伞)公司。21世纪初，保护伞公司已经成为了全美最大的营利性组织，并且它在经济、政治上的触手伸及各个角落。表面上它是全球首屈一指的电脑技术和医疗保健品的供应商。但是很多它的雇员都不知道，它的主要利润来源於军事技术、基因研制以及生化武器。在一个寻常的日子，公司地下研究基地突然病毒爆发！爱丽丝身为地面保安人员，被基地防御机制所喷发的神经性毒气感染而暂时失去了记忆。这时公司认为是人工智能电脑“红皇后”出了什么问题。於是立刻派特遣队前去关闭“红皇后”。特遣队必须在规定的时间回到地面，否则他们将被封死在地下。

特遣队在地面建筑中遇到了爱丽丝和马特，马特是反生化武器者，前去寻找并接应自己的妹妹。遇见特遣队后马特自称是警察。於是特遣队将二人带在身边继续任务，众人又在通往地下蜂巢的电车上遇到了同样被神经性毒气感染的史宾斯。