特遣队在研究基地找到了“红皇后”控制室，然而“红皇后”一直通过摄像头监控着他们。在通往控制室的通道中，红皇后启动了激光防御系统。用激光杀死了队长和另外3名队员。破解了防御机制之后，当爱丽丝他们打算重启“红皇后”时，“红皇后”的全息像出现恳求地对他们说:“若我失去电力，你们将会使失去主要系统能量。”卡普兰没有理会，按下了重启开关。这时“红皇后”愤怒的说道:“你们都将会死在这里”。

红皇后失去系统能量之后，被她关起来的丧屍都跑了出来。剩下的人开始了他们的逃亡之路。一名特遣队员杰迪死亡，蕾恩也感染了病毒。丧屍冲散了大家。走散之后爱丽丝恢复了记忆，想起来自己是线人！本来要帮助马特的妹妹拿到病毒，并把保护伞公司的丑事公布於众。爱丽丝在办公室遇到了去找妹妹的马特。马特和爱丽丝重新和大家在控制室会合，找到了地下通道。在地下通道中卡普兰和大家走散了，在回去的路上爱丽丝突然想到了病毒和血清在哪里。可是当他们来到实验室时，却没有发现。这时，史宾斯恢复了记忆。原来是史宾斯偷走的病毒和血清并把病毒释放到基地里的。病毒感染了地下工作者，使他们变成了丧屍。黑心的他想拿到病毒在黑市上卖掉。他抢到手枪并把其余的人关在了实验室中，独自去电车拿血清解毒。此时被“红皇后”释放了的舔食者出现，将史宾斯杀死。汲取他的DNA并且完成了进化，变的更加凶猛。实验室内红皇后要求爱丽丝杀死感染的蕾恩， 就把出实验室的密码给他们。外面舔食者正在撞击强化玻璃试图进入实验室，时间也所剩不多了。

爱丽丝最终没有下手。这时实验室的门打开了。原来是卡普兰，为了开门他烧掉了红皇后的智脑。最后活下来的人坐上回地面的电车，给感染的蕾恩注射了血清之后，舔食者却出现在了电车的外面。舔食者杀死了卡普兰又抓伤了马特。马特通过打开车下门杀死了舔食者。蕾恩由於感染时间过长，血清没有效果，也变为了丧屍，后被马特杀死。这时电影并未就此结束。在他俩刚出门口的时候，保护伞科学小组突然出现抓住了已经感染病毒并且正在变异的马特和取得病毒样本的爱丽丝。　　之后保护伞公司重新打开蜂巢，迎接他们的却是涌出成群的丧屍。影片结尾爱丽丝躺在空荡荡的实验室中，身上插了数个针管，苏醒的爱丽丝拔掉身上的针管，她来到街区发现城市已经变成一片废墟。

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“主人！您请吩咐！”

袁英看着面前乖巧的红皇后，心中给小缘点了一百个赞。这简直太BUG了。现在整个蜂巢都在小缘的控制当中了，袁英要做的就是找到爱丽丝他们就行了，哦对！还要阻止这帮人把红皇后破坏了。

袁英回头看了眼计时器，还有2小时28分。这伙人应该进去才二十多分锺，现在追上去还来得及。

“红皇后，拖住入侵的特遣队！”

“是，主人！”

吩咐完红皇后，袁英赶忙施展凌波微步沿着铁轨追了下去。