吞并埃及后，亚历山大再次获得了一个产粮基地，俗话说：“无农不稳，无商不活，无工不富，无才不兴。虽然埃及90%都是沙漠，但光一个尼罗河三角洲就有2.4万平方公里也就是3600万亩的耕地，可年产7000万塔兰特的粮食，可以养活1200万人。即使耕地不全用于种植粮食，在人口稀少的现在，也都可以养活大半个非洲的人了，不像两千多年后，埃及的人口增加了几十倍，粮食还得需要大量依靠进口。

亚历山大在临走之前抽调了埃及军队中最精锐的士兵组成了4000法老卫队，2000人是精锐长枪兵，2000人是使用复合弓的精锐弓箭手，他们身穿精致的埃及风格的鳞甲和头盔，战斗技巧极佳，单兵作战能力与他们的箭术同样出色。不但是优秀的长枪兵和弓箭手，又可以作为散兵使用。

回巴比伦后，亚历山大除了让士兵修养一阵之外，他开始继续整编新的部队之外，同时努力打造一些优良的战争器具。他从美索不达米亚、米底和埃兰的原波斯帝国的遗老遗少中吸取了5000人整编为一支波斯骑兵部队，由于这支骑兵是由原波斯贵族及后裔组成的精锐部队，精通各种战法，因此装备了梭镖、复合弓、长矛和骑兵剑，身穿轻便精良的全身锁子甲，适合发挥各种动作。

由于长弓手对士兵的体格要求极高，特别是弓体非常长，制弓时间非常长，材料也有限，因此无法使用长弓的士兵就大量装备了复合弓，他们要比其他欧洲的那些弓箭手要强不少。

接下来，亚历山大的目光望向了埃及以南，这块遍地是宝的地方。但他本人不会亲自出马，全都交给了小托勒密，原来的亚美尼亚总督之位则交给了弗拉阿特斯暂时兼带。他则是准备集结部队解决佩乌塞斯塔斯，然后直捣印度。

在古埃及统一前（公元前3100年），在尼罗河上游地区相继成立了一系列努比亚王国。在古埃及王国时期，埃及从努比亚进口黄金、象牙、鸵鸟毛和乌木。中王国时期，埃及大约在公元前1900年将疆土向南扩展到第二瀑布地区。努比亚人在第三瀑布以南、都城凯尔迈周边重新组织起来。然而，新王国时期开始不久，大约在公元前1500年，埃及人的直接统治延伸到越过第四瀑布的努比亚中心地带，目的可能为了进一步地控制该地区的贸易。埃及人沿着肥沃的尼罗河流域的狭窄带建造了市镇和殿庙。在埃及直接统治的500年期间，当地的努比亚统治阶层吸收了埃及文化的很多方面，包括宗教、语言和文字。