当然也有提出仁宗是被其长子朱瞻基，即继仁宗登位的宣宗害死的，理由是仁宗不受朱棣的喜欢，只是因为“礼教”和“祖训”的关系，才立朱高炽为太子，但朱棣一直有废朱高炽储位之心。而仁宗的长子朱瞻基却与父亲相反，善骑射，谙武事，热衷权利，工于计谋，深受成祖赏识。因此在朱高炽和儿子朱瞻基之间，因为朱棣而形成了隔阂，朱高炽讨厌其父，也由此讨厌被其父宠爱的儿子朱瞻基，最喜欢的儿子是封为襄王的老五。

有史学家说，如果朱高炽不是死得早的话，太子朱瞻基必然被废，由此推断，是朱瞻基密谋加害了仁宗。因为朱瞻基在四月十四日离开北京城，当时随侍仁宗的宦官海涛是朱瞻基的亲信，他按预先密谋，加害仁宗，五月十三日仁宗暴卒。而朱瞻基离京后，不按照预定的日子前进，而是直奔南京，而在他离开南京前，南京城中已“传言仁宗上宾”，要知道当时北京还未发丧，也没有如此快的传播手段，可见仁宗的死是在一些人预料之中的。当朱瞻基六月三日返回北京后有大臣劝诫说人心汹汹，不可掉以轻心，朱瞻基却回答说“天下神器非智力所能得，况祖宗有成命，孰敢萌邪心”显示出一切皆在其掌握之中的自信和自得，因此这一说法也并非空穴来风，恐怕是史有隐笔。

仁宗虽然在位时间很短，但他赦免了建文的许多旧臣，废除了许多苛政，停止了永乐帝开始的大规模用兵，天下百姓得到了休息，文化得到了复兴，读书人的待遇比洪武、永乐两朝要好。因此后世对他的评价很高，痛悼他在位时间太短。如果从个人的能力来说，他显然不属于有锋芒、有魄力的改革派，比起秦皇汉武乃至他的祖父、父亲，相对平庸。但他最大的特点是尊重下面臣民的能力，尽量少地去命令臣民这样或那样。

这样平庸的皇帝，带给百姓的福祉远甚于那些个人能力很强、不甘平庸的皇帝。商纣、秦始皇、隋炀帝就是有能力而喜欢胡折腾的皇帝。所以，朱高炽的庙号为“仁”，朱高炽天禀纯明，从善改过，恭检爱民，因此后世对他的评价很高，为“仁宣之治”打下基础。,