郕王即帝位为代宗，于谦进去回答问话，情绪激昂地哭着说“敌寇得意，要挟持扣留太上皇，这样形势下他们必然轻视中国，长驱南下，请命令各边境的守臣竭力防守遏制。京营士兵的器械快要用完了，需要马上分道招募民兵，令工部制造器械盔甲。派遣都督孙镗、卫颖、张辄、张仪、雷通分兵据守九门重要的地方，军队驻扎在外城的外面。都御史杨善。给事中王竑亦参与这些事，迁徙外城附近的居民进入城内。储存在通州的粮食，令官军自己去支领，用装足的米作为代价，不把粮食留给敌人。文臣像轩倪这样的人，应该用为巡抚。武臣像石亨、杨洪、柳博这样的，应该用为将帅。至于军队里面的事情，我自己承担，没有成效就判我的罪。”对他的意见，代宗全都认真地接纳了。

石亨和曹吉祥、徐有贞迎接上皇恢复了帝位，宣谕朝臣以后，立即把于谦和大学士王文逮捕入狱，诬陷于谦等和黄囗制造不轨言论，又和太监王诚、舒良、张永、王勤等策划迎接册立襄王。石亨等拿定这个说法，唆使科道官上奏，都御史萧维祯审判定罪，坐以谋反，判处死刑。王文忍受不了这种诬陷，急于争辩，于谦笑着说“这是石亨他们的意思罢了，分辩有什么用处”奏疏上呈后，英宗还有些犹豫，说“于谦是有功劳的。”徐有贞进言说“不杀于谦，复辟这件事就成了出师无名。”明英宗的主意便拿定了，于谦被押往崇文门外，就在这座他曾拼死保卫的城池前，得到了他最后的结局斩决。

于谦被杀之后，按例应该抄家，可抄家的官员到于谦家时，才发现这是一项十分容易完成的工作，因为于谦家里什么也没有，除了生活必需品外根本就没有多余的钱财。遂溪的教谕吾豫说于谦的罪应该灭族，于谦所推荐的各文武大臣都应该处死，刑部坚持原判这才停止了。千户白琦又请求写上他的罪行，刻板印刷在全国公布。

于谦的性格很刚强，遇到有不痛快的事，总是拍着胸脯感叹说“于谦半身像这一腔热血，不知会洒在哪里”他看不起那些懦怯无能的大臣、勋臣、皇亲国戚，因此憎恨他的人更多。又始终不赞成讲和，虽然上皇因此能够回来，但上皇并不满意。徐珵因为提出迁都南京，受到于谦斥责，这时把名字改为有贞，比较容易得到提升进用，经常咬牙切齿地恨于谦。石亨本来因为违犯了军法被削职，是于谦请求明代宗宽恕了他，让他总理十营兵，但因为害怕于谦不敢放肆，也不喜欢于谦。

于谦自从土木之变以后，发誓不和敌人共生存，经常住在值班的地方，不回家，一向有痰症病，代宗派太监兴安、舒良轮流前往探望。听说他的衣服、用具过于简单，下诏令宫中造了赐给他，所赐东西甚至连醋菜都有了，又亲自到万岁山，砍竹取汁赐给他。有人说代宗太过宠爱于谦，兴安等说“他日夜为国分忧，不问家产，如果他去了，让朝廷到那里还能找到这样的人”到抄家的时候，家里没有多余的钱财，只有正屋关锁得严严实实，打开来看，只有朱祁钰赐给的蟒袍、剑器。

于谦死的那天，阴云密布，全国的人都认为他是冤枉的，有一个叫朵儿的指挥，本来出自曹吉祥的部下，他把酒泼在于谦死的地方恸哭，曹吉祥发怒，鞭打他。第二天，他还是照样泼酒在地表示祭奠。都督同知陈逢被于谦的忠义感动，收敛了他的尸体，过了一年，于谦的养子于康将其归葬于杭州西湖南面的三台山麓。皇太后开始时不知道于谦的死，听说以后，叹息哀悼了几天，英宗也后悔了。

于谦敢于为民请命，严惩作奸犯科权贵，而受到排挤打击，人家当官前呼后拥，尽显官威。于谦当官便服一套，瘦马一匹。同僚并不以其为谦虚清廉，却说他坏了官场规矩。于谦主张兵贵在精，将贵谋勇，用兵贵在临机应变，提倡“将士相习”，“管军者知军士之强弱，为兵者知将帅之号令”。所创团营之制，对明朝兵制影响很大。

于谦诗作归隐情怀的表达，与慷慨悲凉的风貌预示了诗坛风气的转向，在台阁体流行的高峰期，文人们是忌讳表达激烈的情怀与悲伤的情感的，从而保持了其创作风格的雍容，以便发挥其鸣盛的政治作用。,