天历二月初二日（夏历正月二十八日），李开芳所率陆路大军进逼江宁。初三日，水军前锋逼近金陵，分泊大胜关至草鞋峡一带江面。初六日，水陆太平军大队人马赶到，分兵占领浦口、江浦，切断了江北清军进援通路，完成对江宁的包围。

江宁城外有高山要隘，内城十三门，外郭十八门，外加长江天险，秦淮护河，城防体系严密，易守难攻。江宁城防守的旗兵绿营加在一起不足五千人，临时募集的壮勇也只有万人。本应该全力守住要隘，阻击太平军，不过陆建瀛在九江已吓破胆，竟然下令封闭内城城门，妄图固守。他与江宁将军祥厚分守南北城。

总督大人如此布置，各级下官也只得如此行事。驻扎城外的江宁副都统霍隆武、江南提督福珠洪阿、徐州镇总兵陈三光等将领眼见着太平军东来，上司又要关门，哪还敢待在城外，一骨碌全跑进城内，至此清军阻止太平军进攻江宁的最后希望也破灭了。

太平军则是环城进攻，地官正丞相李开芳率陆师扎聚宝门外，天官副丞相林凤祥、殿右六指挥吉文元扎营仪凤门外，金一总制黄益芸领右一军攻旱西门。途中新加入的殿左三指挥朱锡琨率领前四、中五两军围攻南京大东门、朝阳门，构成四面围攻的态势。

深夜，左二军自从在采石矶下了船，急行军一天一夜，仅在江宁城西南六十里板桥镇休整过。钟良相从师帅彭奕嵩那里寻来两头骡车，都是用来拖拉全卒辎重，除了蒋琬体弱时常乘坐外，其他人都是徒步，即便是年过五十的陆遐龄，也是健步如飞。王炤源未经历过长途跋涉，则略显吃力，但也强忍着，毕竟只有同甘共苦，圣兵们打起仗来才舍生忘死。这是他来到这个世界第一次感到累，而且累得很痛苦。这不是通宵上网，也不是逛马路溜大街，这是实实在在地走路，十几个小时不合眼，还好他撑住了。

初六辰时，左二军方才到达仪凤门外营地，不过并没有立即得到足够的休息，而是各自搭建营地。按照营制，王炤源这一卒搭了四个帐篷，一个两司马分一个。干完活后，林绍璋才下令休息，顿时全军上下鼾声一片。、

午后，营里战鼓齐鸣，王炤源紧急集合全卒人马，随彭奕嵩到监军林绍璋帐下听令。太平军无论平时还是作战，都以军为最高建制单位。军帅负责平时的训练和行军扎营等基本任务。战场上则以监军调度指挥，由监军、军帅、师帅一直到两司马，这是一套作战指挥系统，又以职同监军的各种典官及其属官和僚吏组成后勤补给系统，在这两班人马之上还有个总制作为全军的最高长官，管理全军事务。以炎、水、木、金、土对应前、后、左、右、中军，木二总制曾春发，便是右二军的统帅。他此刻已被东王招到殿前听用，职务却没变，所以左二军目前是林绍璋说的算。

王炤源赶到时，只见师帅彭奕嵩正在约束部众，整理队列，赶紧率部下加入序列。随后，全军鱼贯而出，赶往仪凤门战场，林绍璋打马在前，军帅黎振辉紧随其后。

林凤祥与吉文元将阵地摆在静海寺前，万余大军迎风肃立，仰望仪凤门，或执明火，或持刀枪。左二军并未作为突击主力，被排在诸军之后。只见数十门火炮猛轰城头，铁心实弹狠狠砸中城墙，顿时黑烟四起，少数落在城头上，所到之处也是人仰马翻。如此轮番轰击了半个时辰，城墙仍是文风不动，炮声渐歇。这边，攻城主力前五军开始做好准备，每两人发下一具藤牌，兵器也多换成了短刀，排头便是四五十架云梯。先是，太平军推出五尊短小精悍的臼炮，炮响后，轰出五枚开花弹，落地之处便是一片死伤，如此三番，城头清军气势丧尽。前五军将士齐出，狂吼着冲向城墙，其身后，数百圣兵各持鸟铳抬枪跟进。

前五军圣兵离城墙百丈时，城头枪声大作，清军火器强行压制。太平军后排枪铳就地反击，双方死伤颇多。前五军圣兵迅速接近城墙，四面架梯，缘梯登城。清军冒死抛下雷石滚木，城下圣兵只能以藤牌挡避，避之不及，便是应声倒下。城头也有不少清兵被火器打中，不时掉落下来。