CIBERSORT

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这是目前引用次数最多的免疫细胞浸润估计分析工具，2015年首次发表於Naturemethod。

CIBERSORT是基於线性支持向量回归的原理对免疫细胞亚型的表达矩阵进行去卷积的一个工具，可用RNA-Seq的数据来估计免疫细胞浸润情况，目前为止只提供网页版。

用户只需要注册一个帐号，就可获得500M存储数据和结果的空间。操作时，只需上传标准的表达矩阵文件即可分析免疫浸润;如果想要分析包含其他细胞类型的浸润比例，则需按照官网提示的格式上传相应的文件。

在所有需要用户提交的参数和文件里，下图是最重要的

首先，工具提供“相对模式”和“绝对模式”。相对模式是指所有的免疫细胞的浸润比例分数之和为1，而绝对模式是指每种免疫细胞浸润的绝对分数。

默认情况下，工具只运行相对模式，当用户勾选绝对模式时，则先计算绝对模式，再根据绝对模式的结果计算相对分数，而这个相对分数的结果可能与只运行相对模式的结果存在偏差。

当这两个结果存在明显偏差时，用户应该取消同时运行绝对模式和相对模式。考虑到目前绝对模式的算法尚不成熟还处於测试阶段，个人建议直接运行相对模式比较稳妥，结果的可靠性相对更高。

其他的参数选项都用默认的即可，再添加一个“forcustomsigfile”的名称，有助於识别每次运行的工作内容。各项参数提交后，选择“Run”开始计算。最后的计算结果，可以在Menu的JobResults栏查看。用户可以重新run结果或者下载结果。

用户点击里的九宫格按键，可以查看热图形式展示的结果。

至於结果的分析也就比较常规了，一般而言都是以不同特征分组然后比较，如比较正常和肿瘤组织中的免疫浸润差异，也可以比较有无某种基因突变的样本间免疫浸润的差异。

说到这里，也需要提醒大家，免疫细胞的浸润其实是一个未知的状态，测序时的组织样本是很多种细胞的混合物，不同的软件基於不同的算法，计算出来的结果之间存在一些偏差是再正常不过了的事情，至於谁的更准确一些，目前为止仍然是一个不可证伪的事情，所以在选择工具的时候就仁者见仁智者见智啦。