舜自继位成为人皇之后便努力的治理天下，每天睡觉的时间都没有。而自从鲧被舜斩杀於羽山之后并没有找到能接替鲧去治理水患的人，洪荒中的水患越来越厉害，这时有人推荐鲧的儿子禹，说禹能治水，舜在无人可派的情况下就同意了，让禹接替鲧去治理水患。

禹，名叫文命。禹的父亲是鲧，鲧的父亲是颛顼帝，颛顼的父亲是昌意，昌意的父亲是黄帝。禹，是黄帝的玄孙，颛顼帝的孙子。禹的的曾祖父昌意和父亲鲧都没有登临帝位，而是给天子做大臣。禹幼时曾淂神人传授，习得一身本事，他为了治好水患洗刷父亲的耻辱立即与益和后稷一起，召集天下百姓前来协助。他视察河道，并检讨鲧失败的原因，决定改革治水方法，变堵截为疏导，亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。他带领治水的民工，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息。他与涂山氏女名女娇新婚不久，就离开妻子，重又踏上治水的道路。后来，他路过家门口，听到妻子生产，儿子呱呱坠地的声音，都咬着牙没有进家门。第三次经过的时候，他的儿子启正抱在母亲怀里，他已经懂得叫爸爸，挥动小手，和禹打招呼，禹只是向妻儿挥了挥手，表示自己看到他们了，还是没有停下来。

禹亦关心百姓的疾苦。有一次，看见一个人穷得把孩子卖了，禹就把孩子赎了回来。见有的百姓没有吃的，他就让后稷把仅有的粮食分给百姓。禹穿着破烂的衣服，吃粗劣的食物，住简陋的席篷，每天亲自手持耒锸，带头干最苦最脏的活。几年下来，他的腿上和胳膊上的汗毛都脱光了，手掌和脚掌结了厚厚的老茧，躯体干枯，脸庞黧黑。经过十三年的努力，他们开辟了无数的山，疏浚了无数的河，修筑了无数的堤坝，使天下的河川都流向大海，终於治水成功，根治了水患。刚退去洪水的土地过於潮湿，禹让益发给民众种籽，教他们种水稻。

禹在治水时常遇到大山的阻拦，禹就组织万民开山，但是人力有限效果不是很好，禹很是烦恼。此时大神云华夫人就住在巫山，禹闻听云华夫人有大神通便去向云华夫人求助，云华夫人见禹一心为民便让侍女赐给禹召唤鬼神的法术，又让她的手下神将狂章、虞余、黄魔、大翳、庚辰、童律等，帮助禹斫石疏波，决塞导厄，以循其流。并赐给禹两件宝物——开山斧和避水剑，开山斧用来开山引流，避水剑用来斩杀水中作乱的妖物。

禹开通了九条山脉的道路:一条从汧山和岐山开始一直开到荆山，越过黄河;一条从壶口山、雷首山一直开到太岳山;一条从砥柱山、析城山一直开到王屋山;一条从太行山、常山一直开到碣石山，进入海中与水路接通;一条从西倾山、朱圉山，鸟鼠山一直开到太华山;一条从熊耳山、外方山、桐柏山一直开到负尾山;一条从嶓塚山一直开到荆山;一条从内方山一直开到大别山;一条从汶山的南面开到衡山，越过九江，最后到达敷浅原山。

禹疏导了九条大河:把弱水疏导至合黎，使弱水的下游注入流沙。疏导了黑水，经过三危山，流入南海。疏导黄河，从积石山开始，到龙门山，向南到华阴，然后东折经过砥柱山，继续向东到孟津，再向东经过洛水入河口，直到大邳;转而向北经过降水，到大陆泽，再向北分为九条河，这九条河到下游又汇合为一条，叫做逆河，最后流入大海。从嶓塚山开始疏导漾水，向东流就是汉水，再向东流就是苍浪水，经过三澨水，到大别山，南折注入长江，再向东与彭蠡泽之水会合，继续向东就是北江，流入大海。从汶山开始疏导长江，向东分出支流就是沱水，再往东到达醴水，经过九江，到达东陵，向东斜行北流，与彭蠡泽之水会合，继续向东就是中江，最后流入大海。疏导沇水，向东流就是济水，注入黄河，两水相遇，溢为荥泽，向东经过陶丘北面，继续向东到达菏泽，向东北与汶水会合，再向北流入大海。从桐柏山开始疏导淮水，向东与泗水、沂水会合，再向东流入大海。疏导渭水，从鸟鼠同穴山开始，往东与沣水会合，又向东与泾水会合，再往东经过漆水、沮水，流入黄河。疏导洛水，从熊耳山开始，向东北与涧水、瀍水会合，又向东与伊水会合，再向东北流入黄河。所有的山川河流都治理好了，从此九州统一，四境之内都可以居住了，九条山脉开出了道路，九条大河疏通了水源，九个大湖筑起了堤防，四海之内的诸侯都可以来京城会盟和朝觐了。